本系於民國54年成立,原為中國市政專科學校五年制「公用事業管理科」,民國72年本校改名為中國工商專校,本科同時改名為「企業管理科」。民國89年學校改制為技術學院,本系正式改名為「企業管理系」,並於台北、新竹兩校區招收新生。
民國93年本系在新竹校區設立「商業自動化與管理研究所」,之後為因應產業結構之變化,於民國95年改名為「運籌管理研究所」,隸屬管理學院;後因考量師資與教學資源整合,民國99年再次改名為「企業管理研究所」,回歸隸屬本系。但因系與研究所同名,民國102年再依教育部之要求,更名為「企業管理系碩士班」。同時於民國103年為滿足台北地區在職人士進修企管碩士學位之需求,於台北校區開始招收「企管碩士在職專班」。
基於產業發展趨勢、配合政府公共運輸建設政策推動、以及職業形象鮮明良好等人才需求理由,申請於台北校區企管系日間部設立航空暨運輸服務管理組,並於109學年度起奉准招生。